Нового императора обычно избирал совет членов царской семьи. Прямое престолонаследие соблюдалось не всегда. Как правило, императора выбирали из сыновей законной жены (койя) умершего властителя. У Инки была одна официальная жена при бесчисленном количестве наложниц. Так, по некоторым оценкам, Уайна Капак имел около пятисот одних только сыновей, которым довелось жить уже при испанском господстве. Своих отпрысков, составлявших особый царский айлью, Инка назначал на самые почетные должности. Инкская империя была подлинной теократией, поскольку император был не только верховным правителем и жрецом, но также, в глазах простых людей, полубогом. В этом тоталитарном государстве император имел абсолютную власть, ограниченную лишь обычаями и страхом перед мятежом.