Среднее царство начинается с 2060 года до н.э., с конца XI династии. Фараон Ментухотеп I правивший из района Тебеса-Фив верхним Египтом сумел военной силой и хитростью, объединить под своей властью всю страну, и восстановил власть над Нижним Египтом. Он восстановил законы и налоги, финансовую и хозяйственную системы. В царствование его преемников — Ментухотепа II и Ментухотепа III — оживляется торговля, открываются торговые пути к Красному морю, и возобновляется политика экспансии в от¬ношении Нубии. В духовном плане местные божества Тебеса-Фив соединяются с главным Египетским пантеоном, и появляется реформированный верховный бог Амон-Ра.
К 2000 году до н.э. появляется XII династия, одна из знаменитейших и могущественных династий в истории Египта. Ее основатель Аменемхет I воз¬вышает культ Амона-Ра и возводит его в ранг главного божества. Он искусный правитель, при нем Египет переживает очередной период расцвета духовной культуры, архитектуры, искусства. Что каса¬ется внешней политики, Аменемхет расширяет гра¬ницы Египта до центра Нубии, приблизившись к Короско, и воюет против Ливии. Ему наследует его сын Сесострис I. Он завладевает золотыми рудниками Уади Аллаки. Чтобы закрепить продолжение династии, он возводит на трон вместе с собой своего старшего сына; все его преемники будут следовать его примеру. О его наследниках — Аменемхете II и Сесострисе II — имеется мало сведений. Известно только, что они установили торговые связи с Финикией и по¬кровительствовали Фаюмскому району, где Аменемхет III приказывает построить роскошный дворец, такой сложный, что греки назовут его "Лабиринтом". Сесострис III, наследник Аменемхета III, был одним из самых прославленных правителей Египта. Он провел четыре военных похода против Нубии, пре¬вратил ее в колонию, а затем продвинулся до Палестины и приказал построить многочисленные крепости вдоль границы с Суданом. В эту эпоху бурно расцветает Духовная культура, появляются знаменитые литературные произведения, такие как Книга двух путей и Заветы Аменемхета. XII династия завершает эпоху Среднего царства.
Начинается второй переходный период, который до сегодняшних дней остается наименее исследо¬ванным и полным неясности. Он характеризуется вторжением иностранцев семитской расы, пришедших с востока Дельты. Жрец Манефон из Себеннита, написавший на греческом языке историю Египта, озаглавленную Памятные события Египта, на¬зывает их гиксосами — искаженное египетское слово "хекахасут", что значит "правители других стран". Они постепенно продвигались с северо-востока и заполонили плодородные долины Дель¬ты. Был построен город Аварис, ставший их столицей. Победа гиксосов над египтянами была, видимо, довольно легкой не только потому, что они центральное правительство ослабело и не смогло подготовить достаточно ресурсов для крупной войны. Военная мощь племен гиксосов зна¬чительно превосходила египетскую. Известно, что во все времена в Египте было мало металла и хорошего дерева. А у кочевников уже было железное оружие и конные ко¬лесницы, совершенно не известные египтянам. Гиксосы оккупировали Нижний Египет в течение примерно века. Постепенно у гиксосов начинаются внутренние раздоры, клановость, и одновременное существование маленьких самостоятельных княжеств. Затем фиванские князья объединились с дру¬гими династиями Верхнего Египта и в затяжных боях и небольших стычках разбили армию захватчиков.
Война за независимость закончилась к 1622 году до н.э. под руководством Ахмоса, основателя XVIII династии, который преследовал врагов до южных границ Палестины и объединил весь Египет под своим владычеством.